L'arcipelago è composto dalle isole di:
San Nicola è il centro storico, religioso e amministrativo dell'arcipelago. Per le numerose tracce di un antico e glorioso passato, essa è considerata un museo a cielo aperto
. L'isola misura ettari 42, ha uno sviluppo costiero di 3.700 metri, una lunghezza di 1.600 metri e un'altezza massima di m. 75.
San Domino è in buona parte ricoperta da boschi di Pino d'Aleppo, per la fertilità e spontaneità di fiori d'ogni colore, era chiamata dai monaci benedettini "Orto di paradiso".
Le acque sono limpide, la costa è frastagliata di cale, punte e scogli, mirabili sono lo scoglio dell'Elefante, dalla forma che assume ed i Pagliai, monoliti a forma di piramide somiglianti a veri pagliai. Facendo il giro dell'arcipelago in barca, si possono visitare, tra l'altro, la Grotta delle Viole, del Bue Marino e delle Rondinelle. A San Domino si trovano le spiagge di Cala delle Arene, quella di Cala Matano e la spiaggia sotto i Pagliai, a quest'ultima si arriva soltanto via mare. L'isola si estende per 207 ettari, ha uno sviluppo costiero di 9.700 metri, una lunghezza di 2.600 metri e un'altezza massima di m. 116 alla punta della Cappella dell'Eremita.
Cretaccio è un ammasso roccioso di colore giallo per la sua natura argillosa e va scomparendo per le corrosioni incessanti degli agenti atmosferici e marini. L'isola misura 3,5 ettari, ha altezza di 30 metri ed uno sviluppo costiero di 1.300 metri. A 20 metri si trova lo scoglio della Vecchia.
Caprara (o Capraia o Capperaia), disabitata ma è interessante come le altre, alla punta del faro ha un architiello grandioso d'architettonica naturale. L'isola è vasta 45 ettari, lunga 1.600 metri, ha uno sviluppo costiero di 4.700 metri.
Isola di Pianosa
L'isola di Pianosa è una piccola isola compresa nell'arcipelago delle Isole Tremiti (o Diomedee) insieme a San Domino, San Nicola, e Capraia. L'isola, del tutto disabitata, rientra amministrativamente nel comune delle Isole Tremiti.
L'isola si sviluppa su una superficie di circa 11 ha, per una lunghezza di 700 metri, una larghezza di 250 metri, con uno periplo costiero di 1.300 metri e un'altezza massima di 16 metri s.l.m.. Dista 22 chilometri dall'estremità orientale di Capraia, l'isola dell'arcipelago ad essa più vicina e circa 35 miglia nautiche dal promontorio del Gargano.
